是的，电脑机箱主板大小有分别。
电脑主板的大小一般分为ATX、Micro ATX以及ITX三种。其中ATX主板通常为标准尺寸，其规格为30.5cm x 24.4cm。Micro ATX主板则比ATX主板小一些，通常为24.4cm x 24.4cm。而ITX主板则是最小的一种，其规格为17cm × 17cm。
不同尺寸的主板需要对应的机箱才能完全安装，因为不同尺寸的主板接口位置和插槽数量都会不同。比如，ATX主板需要较大的机箱来安装，而Micro ATX主板则可以搭配较小的机箱使用，而ITX主板可以选用迷你机箱或更小的型号。在购买主板和机箱时，需要留意对应关系，确保主板能够安装在机箱内。
此外，一些高端主板的尺寸也会有所不同。例如，E-ATX主板比ATX主板更大，其尺寸为30.5cm x 33cm，一些高端主板型号的尺寸也会有所变化。在这种情况下，需要查看主板的规格参数以及机箱的最大支持尺寸，以此确定是否可以安装。
综上所述，电脑机箱主板大小是有分别的，需要根据主板的大小和机箱的支持尺寸，确定合适的搭配。在购买时，需要留意尺寸大小的对应关系，这样才能确保电脑的正常运行。
